对于浙江科技出版社这样一家规模不大的地方出版社来说，1999年实在是一个值得纪念的年头。因为该社利用并不富裕的资金倾情出版科技学术著作的善举，在1999年得到了相当丰厚的回报：该社出版的《智能自动化丛书》获得当今中国出版界最高荣誉———国家图书奖（第四届）正式奖，这是该奖设立以来该社第三次蝉联这一奖项，从而浙科社成为全国170多家科技类出版社中，与人民卫生、地质、山东科技并列的、连续三届获得该奖项正式奖的“三冠王”。与此同时，这一年中，浙江科技出版社还获得了另外39项省级以上的各类优秀图书奖和装帧设计奖，得到了业界内外极高的评价。
20年来，国内学术著作的出版（除少量非常著名的学者专家的作品）一直是一个令所有出版人备觉尴尬的问题；尤其是科技学术著作，更因为其专业性强、读者面窄、发行范围小等三大出版难题而难以进入编辑的“法眼”，“学术著作出版难”一直是出版界难以对学术界做交代并广为诟病的有力口实。正因为此，在科技出版阵营里，80年代诞生的泰山科技著作出版基金（山东科技）、90年代出现的广东科技著作出版基金（广东科技）和金陵科技著作出版基金（江苏科技），对科技学术著作的出版给予支持，受到社会各界的好评，并在自然科学界产生了广泛而良好的影响。
由于各方面的原因，浙江科技这个一向对科技学术著作出版兢兢业业的地方出版社没有建立类似的科技著作出版基金，而是另辟蹊径，抱着小社办大事的雄心和胆略，探索出了一条既要抢占制高点，又要舍得投入，集中人力、物力、财力，精心策划，精心实施，全程监控，力求出版国内一流国际领先学术著作的出版路子。对学术著作的出版，浙江科技出版社的要求是“三高”，即作者档次高，学术价值高，出版品位高。在该社编辑的眼里，科技学术图书的作者规格应该是这样的：在相应的学术领域不仅仅是第一流的，而且是第一块牌子，是国内的首席专家。浙科社对于学术著作出版的基本定位是：要么不搞，要搞就搞第一流的、真正有分量的科技学术作品。
1995年，浙江科技出版人在为科技学术专著的出版而辛勤耕耘了几年之后迎来了第一个丰收年。这一年，在该社出版的《浙江植物志》荣膺全国优秀科技图书一等奖和第二届国家图书奖的同时，该社还有26种图书先后荣获了中国图书奖、华东及全国的优秀科技图书奖等省级以上的图书奖。形成了浙江科技出版社90年代学术图书出版的第一个高峰。
《浙江植物志》是全面系统地研究、总结、记载浙江和邻近地区植物资源种类及其保护、利用和发展的大型重点科学著作，该书由全省19个单位，55位专家通力合作，历时10年完稿。本书的编著工作是浙江植物研究史上最大的一项系统工程，它对农、林、牧、副、果蔬、花卉、环保、国土整治等社会工作都有重大而实用的价值。国内15位名望最高的植物学权威应邀参加了成果鉴定，给本书以极高的评价：“不仅为浙江植物学，而且为中国植物学，乃至世界植物学的发展都作出了重要贡献。”本书的出版，是作为一家地方出版社的浙江科技出版社立足本省，充分挖掘和利用乡土出版资源，为本省学术发展与经济进步服务的一个有力的举措，是浙江科技出版社的所有出版人怀抱热忱的乡土情结，对浙江丰富的物种资源梳理脉络，为我国的博物学建设所作出的重要的学术贡献。应该提出的是，以《浙江植物志》为核心，浙江科技出版社还出版了《浙江动物志》、《浙江稻种资源图志》、《浙江土壤志》、《浙江海岛资源综合调查与研究》、《浙江海藻原色图谱》等图书，组成了专业性地方志图书群，使浙江科技出版社成为国内地方出版社服务地方经济和文化的翘楚。
随着中国出版界实施“阶段性转移”的策略，浙江科技出版社自1995年开始也在具体的选题策划与组织上实施“两个转移”的策略：即从以往的单纯考虑社会效益的学术图书为主，向兼顾两个效益的“双佳双效”图书转移；全社的经济支柱，从中学劳技课教材、台历和生活类图书，向工农业、医药卫生应用技术类图书和实用工具书方向转移。在这个转移的策略中，按照该社社长曾勇新的设想，科技学术图书的出版不是淡化了，而是更加注重效果了，注重的是科技成果社会化的效果，注重的是科技创新精神大量流向社会，流向读者的效果。在这种背景和考虑下，该社集几年之功，策划出版了《转移核糖核酸———结构、功能与应用》、《北京正负电子对撞机和北京谱仪》、《孤立子理论与应用》（英文版）、《分形几何理论与应用》等学术图书。1995—1997年度成为浙江科技出版社学术图书出版的第二个高峰。这里尤其要关注的是《转移核糖核酸———结构、功能和应用》一书。
荣获第八界全国优秀科技图书一等奖、第三届国家图书奖的《转移核糖核酸———结构、功能与合成》是90年代初该社策划、1995年出版的一本极有分量的学术著作。1978年中科院组织上海生物化学研究所等6家单位成立会战指挥组，经过多年不懈努力，于1981年完成tRNA的人工合成。这是世界上首次人工合成的一个具有完整生物活力的核糖核酸，它标志着我国人工合成生物大分子的水平继续居于世界前列。为将这一重大科研成果传达给更多的专家学者，并就此一成果在更大范围内进行交流，使科技成果转化为现实的生产力，浙江科技出版社毅然决定以图书出版的形式反映这一成果。该书出版后，在国内外都引起了强烈的反响，引来了各方的重视和赞誉。
在重点出版《转移核糖核酸》一书的同时，浙江科技出版社还推出了反映国家基金重点项目研究成果的《邓小平科技思想与应用》、分析世界农业气候条件与作物气候的分布规律的《世界农业气候与作物气候》、反映我国科技领域重大成就的《秦山核电站》、《钱江二桥》、《心脏外科技术图谱》、《重组DNA的原理和方法》、《外科病症的诊断思路及处理程序》、《心血管疾病的中西医研究》等等。可以说，在1995－1997年间，浙江科技出版社的同仁们以其对科学的崇敬态度，在各个部门的通力协作下，优质高效地出版了十几部反映我国重大科研成果的科技学术著作，形成了浙江科技出版社在90年代学术图书出版的第二个高峰。
以《智能自动化丛书》的全部出齐及获得第四届国家图书奖正式奖为标志，在浙江科技出版社成立二十周年之际，浙江科技出版人欣喜地迎来了第三个学术图书出版的高峰。《生物多样性研究丛书》、《医药院士世纪谈》、《中国农业气候学》、《临床移植医学》、《整形外科学》等分量极重的学术著作，都是在这个高峰期诞生的图书精品。刚刚面市的《整形外科学》和获得第九届“全国优秀科技图书一等奖”、第四届“国家图书奖”的《智能自动化丛书》（包括《智能系统的综合集成》、《开放的复杂巨系统》、《智能控制论》、《人工神经网络理论与应用》、《智能信息处理与智能控制》、《汉字识别的系统与集成》6卷）需要重点圈点。
整形外科，又称整复外科，是一门为人体众多畸形或者缺损进行修残补缺，以达到修复形态、重建功能的外科专业。在临床和培养人才的基础上，王炜、马奇、鲁开化、高景恒等我国第二代整形外科专家，邀请了中国整形外科专家、部分年轻学者以及相关专业的著名专家，主编出版的《整形外科学》一书，是迄今为止我国整形外科专业篇幅最大、涉及面最广、参考价值较大的专业参考书。本书对近年来广泛应用且行之有效的新技术进行了较详尽的介绍。这些技术（如激光技术、组织扩张技术、内窥镜技术、生物材料的应用等）促进了本专业的发展，提高了治疗效果，缩短了疗程，并减轻了患者的病痛和经济负担，代表着20年来整形外科医疗水平的提高。
从1995年到1999年陆续面世的《智能自动化丛书》在国内首次介绍了我国学者把智能系统立足于“从定性到定量的综合集成法”与“大成智慧”来加以考虑的学术思想；比较系统与全面地反映了自动控制领域中智能控制与智能信息处理这一新的发展方向的基本原理，最新科研成果及技术概况。这部丛书中，有的著作是作者们的创新与多年来研究的理论成果，如《开放的复杂巨系统》、《智能系统的综合集成》、《人工神经网络理论与应用》等，有的是在智能化方面实践的总结，如《智能信息处理和智能控制》等。总体上说，这部丛书反映了自动化学术研究的前沿和方向，也是我国从事智能系统研究人员近十年来取得成果的综合集成，这既是高质量的学术著作，也是一部跨世纪的学术思想和研究方法的力著。
90年代的中国出版界在中国社会市场化进程的深刻影响下，出现了各种各样的出版思路和出版动向。在这些动向中，有纯粹追逐经济利益而误入歧途的，有为了所谓的“社会效益”而步入困境的，也有因为各方面的压力尤其是经济压力而出卖书号违规出版的，更多的是，许多出版社和当代出版人，为了眼前的经济利益而遗忘了自己所从事的工作———就其本质而言仍然是一件文化积累性和学术传播性的工作———的基本性质和所担负的基本的文化的和学术的历史使命，对可以推动社会进步、促进经济发展、但难以在短期内实现较好的经济效益的学术著作的出版越来越冷漠。所幸的是，中国出版界和中国科技工作界还有许多像浙江科技出版社这样的文化了望和科学精神的坚守者，还有浙江科技出版人这样一些科学意识和科学精神的薪火传播者。90年代浙江科技出版社学术著作出版的实际业绩和以国家图书奖“三连冠”为标志的社会评价表明，浙江科技出版社和浙江科技出版人是无愧于自己所从事的这个崇高的职业，是无愧于那些为我国科技进步与文明发展倾心竭力的科学英雄的。
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